A görög katolikus népesség az 1700-as évek első felében telepedett meg a faluban. Bizonyos, hogy a napkori főágalapító Kállay Ferenc a környező Kállay-birtokokhoz hasonlóan (Biri, Kiskálló)   már az 1720-as évek körül idegenből érkező jobbágyokat telepített a munkáskezekben szűkölködő, jelentősen megcsappant lélekszámú kállósemjéni birtokra. A telepítések eredményeként ekkor hetven görög katolikus család élt a községben, 1786-ban már 660-an, 1806-ra számuk visszaesett 473-ra.

A jövevényeknek a falu központjában álló, elhagyott középkori templomot is átadták, amelynek az 1747-es összeírás szerint csak a szentélye állt.

A régi épületet fokozatosan megújították, de csak egy részét tudták helyreállítani. A bizánci rítus igényeinek megfelelően alakították át és Szent Mihály főangyal tiszteletére szentelték fel. Az 1780-as esperesi látogatás alkalmával feljegyezték, hogy a szentély tágas, de sötét és nedves. Oltára kőből épült, ikonosztáza háromajtós, amelynek alapképeit fatáblára, többi képét vászonra festették. A templom mellett 1765-ben emelt, négy fiatornyos fatorony állt. Az 1822-es kánoni látogatás alkalmával a templomot jó állapotúnak írják, de a teteje és falai javítást igényeltek. Ikonosztázionját réginek találták, a kántorpadok és a hívek padjai a fal mentén álltak.

A 19. század első felében a nyugati homlokzat elé magas tornyot akartak emelni, amelyet aztán később sem tudtak befejezni, így sokáig még a templom melletti fatoronyban voltak a harangok.

Az 1800-as évek első felében juhászatban jártas, magyarul is értő görög katolikus pásztorokat hoztak be a Kállay földesurak a nagyváradi püspökség területéről. A századforduló előtt pedig a paraszti migráció révén magyar ajkú dohányosok telepedtek ide az Alföldről és az északi megyékből.

Az 1770–80-as években a községben – beszélőinek túlsúlya miatt – a „divatozó nyelv” még a román volt, 1803-ban a máriapócsi mezővárosi jogú iskola három, kállósemjéni görög katolikus növendéke még románnak vallotta magát, 1806-ban a liturgia nyelve is román. Az 1810-es évektől viszont már magyar nyelvű predikálás és katekizálás folyt. A nem magyar ajkú görög katolikusok megmagyarosodtak. Egy részük eleve olyan vidékről érkezett, ahol magyarokkal éltek együtt, értették nyelvüket. A többségük zsellér volt. A község vezetése a telkes jobbágyok kezében volt, s a vagyonilag tekintélyesebbekhez nyelvileg is alkalmazkodtak. A XIX. században beköltözött görög katolikus lakosság között már jelentős volt a magyar anyanyelvűek aránya.

A parókián 1789-től őrzik a helyi anyakönyveket. Az első kötet lapjai az 1810-es évekig cirill betűs, román nyelvű bejegyzéseket tartalmaznak, ami bizonyítja, hogy az egyházmegyében a román hivatalos, liturgikus nyelv volt. A kállósemjéni anyakönyvek vegyes nyelvezetű, sokszínű, magyar–román–ruszin közösség ittlétéről üzennek az utókornak.

1897-re készült el az eklektikus stílusú új templom, széles hajóval, magas nyugati toronnyal. A régiből csak a szentély egy része maradt meg, amelynek középkori eredetére a sokszögzáródás és a támpillérek utalnak. Baldachinos főoltárát 1904-ben készítette a Rétay és Benedek Műipari Intézet Budapesten, majd a teljes, új ikonosztáziont is náluk rendelték meg. A boltozatok és az oldalfalak falképeit Benke László festette 1960-ban.

A parókia előbb a munkácsi görög katolikus egyházmegyéhez tartozott. 1912-től a hajdúdorogi egyházmegyéhez, ma ezen belül a szabolcsi főesperesség máriapócsi esperesi kerületéhez került. Kriskó Elek püspöki tanácsos 1918-tól 52 esztendőn át teljesített papi szolgálatot Kállósemjében, közmegbecsülésre. Kriskó Elek Kállósemjénbe kerülése előtt Debrecenben, a görög katolikus püspökségen szolgált, ahol dr. Miklóssy István püspök ellen 1914. februárban elkövetett, öt halálos áldozatot követelő merényletnek volt az egyedüli túlélője. Ő bontotta fel a püspök nevére érkezett csomagot, és a megtévesztő kísérőlevelet, amely a csomagban „küldött” értékes kegytárgyakról szólt. A csomag feladója azonban nem kegytárgyakat, hanem tizennyolc kilogramm robbanóanyagot helyezett el abban.

A görög katolikus felekezet a mai napig a község legnagyobb számú közössége. 1891-ben a község lélekszáma 2166 fő volt, ebből görög katolikusnak 925-en vallották magukat. 1920-ban 2903 főből 1357-en voltak görög katolikusok. 1942-ben 4617 főből 2124-en. A reformátusoktól rájuk maradt templomukat sokáig toldozgatták-foldozgatták, míg 1896-ban a középkori Szűz Mária kápolna szentélyét beépítették a ma is álló, új templomukba. Nagyboldogasszony tiszteletére szentelték fel.

A ma is látható régi főoltár a templom védőszentjének, Szűz Máriának a mennybemenetelét ábrázolja.

2013-ban a belsőt részlegesen helyreállították, a munkát megelőző régészeti feltárás során a középkori templom alapjait, boltozati bordáinak töredékeit, kriptát és sírokat találtak, a szentély északi oldalán az eredeti sekrestye alapozása is előkerült. A feltárt alapfalak nyomvonalát a padlózat kövezetében jelezték.

A közösség tagjai Orosz István Árpád esperes-parókus vezetésével nagyszabású beruházásokat végeztek különféle pályázati (TOP, ROHU) és saját forrásból finanszírozva, hogy a templom kívül-belül méltóan hirdesse Isten dicsőségét.

Megújult a templomtető, a torony; a toronykereszt és a gömb 24 karátos vihararannyal lett bevonva. Toronyórát készítettek tűzzománcból, a falakat a régészeti emlékek megóvását figyelembe véve újították meg kívülről és belülről; a korábban festetetlen külső homlokzati fülkékben Gábor és Mihály arkangyal kapott helyet, az ikonok Bíró Péter kárpátaljai ikonfestő művész munkája. Új textíliák és tárgyak is bekerültek a szentélybe, hajóba.